Renacimiento
Renacimiento en Perales de Tajuña
Con el Cardenal Cisneros se crea en 1499 la Universidad de Alcalá, tan importante para Alcalá y sus Tierras, pues asignó para las aldeas de Tierras de Alcalá, un número de becas para estudiantes pobres, iniciándose las enseñanzas en 1508, donde en los siguientes siglos acogió a estudiantes de teología y otras materias como medicina y derecho, naturales de Perales, dando numeroso Clero como Capellanes, Presbíteros, Canónigos, y un Obispo, Médicos y Abogados de las familias peraleñas de Bucero, Cidiel, Redondo, De la Hermosa, Martínez, ... naturales de esta villa, enriqueciendo la sociedad peraleña en los siguientes siglos.
Es a finales del siglo XVI, Perales adquiere el título de Villa, lo que implica la desvinculación jurisdiccional de Alcalá y por tanto de la Mesa arzobispal de Toledo, aunque en los aspectos religiosos, seguiría dependiendo del arzobispado de Toledo. El monarca Felipe II por necesidad económica, consigue del papado la separación de las aldeas de Alcalá de su jurisdicción, para pasarlo a la corona, obteniendo beneficios por la compra por parte de los vecinos de su propia jurisdicción, y por lo tanto la aldea de Perales conseguía su autonomía, aunque se mantendrían ciertas prestaciones feudales respecto a Alcalá hasta principio del siglo XIX.
Con la adquisición del status de villa real, penetró la administración local en la antigua aldea y se creó por parte del Rey un corregimiento formado por las ya villas de Perales, Morata y Belinchón. Se nombra un Alcalde Mayor y un Tte. Alcalde Mayor (Corregidor y Tte.Corregidor) por el Rey y en épocas posteriores por el señor de la Jurisdicción, el Marqués de Leganés, completándose con la justicia propuesta por la villa: Un Alcalde Ordinario por el Estado Noble, alternándose los dos linajes de Hidalgos: Cidiel y Alarcón, existentes en esta villa, y otro Alcalde Ordinario por el Estado Llano, con Regidores y Procuradores por ambos estados.
Las poblaciones pertenecientes a Alcalá, ya con autonomía de Toledo, conformaron la Mancomunidad de las Veinticinco Villas, para hacer frente a las obligaciones heredadas con la villa de Alcalá: reparación de vías de comunicaciones, puentes y contribución a otros gastos de diversa índole.
Las primeras noticias de la población de Perales las obtenemos en el siglo XVI. Es en esta época, bajo el reinado de Felipe II, la ya villa independizada del arzobispado de Toledo sufre un importante crecimiento demográfico, económico y urbano; aumentando la ganadería, la agricultura y construyendo nuevas fuentes, posadas y comercios.
Este desarrollo se debió principalmente a la extensa red pecuaria del término y al estar emplazado en una importante vía de comunicación (antiguo camino Imperial a Levante y posterior camino Real de Castellón), que propiciaron el establecimiento de actividades tales como hospedaje de viajeros, refresco de caballerías en Posadas y Ventas, desarrollándose el comercio, transporte de mercancías, ...
El crecimiento del casco urbano, se vio condicionado por dos elementos geográficos definitorios: el cerro en cuya ladera se desarrolla y el arroyo de la vega del Lugar, cuyas ricas tierras se quieren preservar. Entre ambos limites se produce un gradiente de calidad de la vivienda, que varía entre la más humilde, en la zona más alta y alejada de la vega, compuesta principalmente por cuevas-viviendas diseminadas y cerca de las huertas las grandes casas de labor con corrales y dependencias agropecuarias anejas. Se crean la plaza pública como complemento de la iglesia y el juego pelota.
En el siglo XVI ante las necesidades de los labradores se funda un Pósito de grano para labradores pobres por el canónigo Dr. D. Diego Redondo, natural de la villa de Perales, establecimiento para socorrer a labradores peraleños en años de poca cosecha.